Daniel Pfluger wuchs in Mannheim auf und assistierte zunächst am Nationaltheater Mannheim, bevor er Regie an der Zürcher Hochschule der Künste studierte. Bereits während des Studiums gewann er mit einer Bearbeitung der Metamorphosen von Ovid das renommierte Körber Studio Junge Regie. Er arbeitete seitdem als freier Regisseur für Schauspiel und Oper in Stadt- und Staatstheatern sowie in der Freien Szene im In- und Ausland. Unter anderem inszenierte er die Händel-Opern Teseo und Il pastor fido für die Internationalen Händelfestspiele in Karlsruhe und Halle.
Weitere Arbeiten führten ihn an die Deutsche Oper Berlin, die Bayerische Staatsoper, die Staatstheater Schwerin und Saarbrücken, ans Madlenianum Belgrad in Serbien und das Teatro Gliwice in Polen. Seine Arbeiten wurden u. a. ans Lucerne Festival, die Ruhrfestspiele und das Konzerthaus Berlin eingeladen. Er war 2012-14 Stipendiat der Akademie Musiktheater Heute. Seit 2019 ist er Hausregisseur und Mitglied der Leitung des Volkstheaters Rostock.
An der Schauburg inszenierter er „Bodybild“, „Hunderte Kinder in wildem Kampf“ und aktuell „Erik*A“ und „Get Lost“, eine Koproduktion mit Bayerischer Staatsoper und Backstage.